عفونت های قارچی ریه به طور معمول نسبت به عفونت های باکتریال و ویروسی از شیوع کمتری برخوردار هستند اما مطرح کننده مشکلات مهم و با اهمیت در فرآیند تشخیص و درمان می باشند. این دسته از عفونت ها به طور عمده افرادی را که در مناطق جغرافیایی خاصی زندگی می کنند و یا افرادی را که دارای نقص در سیستم ایمنی خود هستند درگیر می کند و ویرولانس آن ها از حالات بدون علائم تا حالت های مهلک و مرگ آور متفاوت است.
عفونت های قارچی مجاری تنفسی از علل مهم ابتلاء و مرگ و میر در بیمارانی است که دارای اختلال در سیستم ایمنی خود هستند، در این دسته از بیماران افرادی وجود دارند که به علت ابتلاء به بیماری های نئوپلاستیک تحت شیمی درمانی سیتوتوکسیک قرار می گیرند و یا افرادی که در آن ها پیوند سلول های بنیادی مغز استخوان انجام گرفته است و یا برخی دیگر که پیوند عضو گرفته و بالاخره افرادی که به سندرم ایدز دچار شده اند. نکته قابل توجه این است که به موازات جمعیت رو به افزایش گروه های فوق الذکر موارد فزاینده ای از آسپرجیلوزیس مهاجم در آن ها گزارش می شوند. همچنین سایر قارچ های رشته ای نظیر فوزاریوم، زیگومیست ها و سودوآلشریا بویدی ای نیز روند رو به افزایشی را به ویژه در بیمارانی که دارای نقایص کمی یا کیفی در عملکرد نوتروفیل هایشان هستند نشان می دهند. میکوزهای اندمیک از قبیل هیستوپلاسما کپسولاتوم واریته کپسولاتوم، کوکسیدیوئیدس ایمیتیس و پنی سیلیوم مارنفئی نیز در  افرادی که سیستم ایمنی مختل شده (ایمونوکامپرومایزد) دارند و در نواحی جغرافیایی مورد انتظار در حال افزایش می باشند.

هیالوهایفومایکوزیس به طور کلی به عفونت های سیستمیک ناشی از قارچ های کپکی شفاف گفته می شود که مناظر هیستوپاتولوژیک کم و بیش مشابهی در بافت نشان می دهند و تنها راه تشخیص افتراقی و تفکیک آن ها از یکدیگر کشت و شناسایی جنس و گونه های مربوطه است. بنابراین مشاهده هایفی منشعب با انشعابات دیکوتوموس،  با زاویه حاد و دارای سپتوم الزاما آسپرجیلوزیس را مطرح نمی کند بلکه ممکن است با عفونت های ناشی از قارچ های دیگری از قبیل فوزاریوم، سودوآلشریا بویدی ای و یا قارچ های دیگر مواجه باشیم. از طرف دیگر اکثر این پاتوژن های فرصت طلب نسبت به آمفوتریسین B مقاومت دارند و یا این که نیاز به استفاده از دوزهای بالاتری پیدا می کنند و یا گاهی اوقات تست های حساسیت دارویی برای انجام درمان مناسب ضرورت پیدا می کند، لذا کشت و جداسازی این قارچ ها در محیط کشت اهمیت پیدا می کند.