پیوند میکروب های مدفوعی (Fecal microbiota transplantation) یکی از جدیدترین گزینه های درمانی است که باعث تنظیم توازن ساختار جمعیت میکروبی روده و بهبود عملکرد آن می شود. کولون پستانداران زیستگاهی برای اکوسیستم میکروبی است که باعث افزایش مقاومت بدن در برابر عفونت ها می شود. میکروب های نرمال روده در تحریک سیستم ایمنی موکوسی، سنتز ویتامین های ضروری و افزایش میزان تامین انرژی توسط هیدرولیز کربوهیدرات های پیچیده اهمیت دارند. مطالعات کلینیکی و تجربی نشان می دهند که میکروبیوتای روده ای می توانند باعث تشدید یا بهبود بیماری های التهابی روده و سیستمیک شوند. به دلیل قابلیت آن ها در افزایش مقاومت در برابر عفونت ها و کاهش بیماری های التهابی، امروزه دستکاری جمعیت میکروبی یکی از اهداف محققان است تا بدین طریق بتوانند میزان عفونت های روده ای را کاهش دهند. در حال حاضر مشکلاتی وجود دارند که مانع می شوند تا این روش به طور گسترده مورد استفاده قرار بگیرد که یکی از آن ها مشکلات قانونی است. سازمان غذا و داروی ایالات متحده (FDA) تا کنون به طور کامل این روش درمانی را تایید نکرده است و فقط بیمارانی که سایر شیوه های درمانی در آن ها جواب نمی دهند پیوند مدفوع  (FMT) در آن ها انجام می شود. با این حال مطالعات قابل توجهی در جهت بهینه سازی پروتکل های FMT مورد نیاز است تا قبل از به کارگیری این روش درمانی مورد بررسی قرار گرفته و ارزیابی شود.