برخورد با قارچ های ساپروفیت در آزمایشگاه های میکروب شناسی هر روز به صورت شایع اتفاق    می افتد. معمولا اکثر این قارچ ها را به عنوان آلوده کننده های معمولیِ محیط های کشت در نظر می گیرند و به آن اهمیت نمی دهند. هر چند که نوع نمونه و تعداد کلنی و محل رشد آن ها در نقاط تلقیح شده، بر اهمیت توجه و دقت در شناسایی و ارزیابی نقش آن ها در بیماری مورد تاکید قرار می گیرد. جنس آسپرجیلوس یک آلوده کننده ناشایع در اکثر آزمایشگاه های میکروبیولوژی است و اهمیت جداسازی گونه های آن از نمونه های کلینیکی باید مورد توجه و تاکید بیشتری قرار گیرد. 
شایع ترین گونه آسپرجیلوس که از مجاری تنفسی بیماران جدا می شوند شامل آسپرجیلوس فومیگاتوس، آسپرجیلوس فلاوس و آسپرجیلوس نیجر می باشد. آسپرجیلوس ترئوس، آسپرجیلوس اوستوس و آسپرجیلوس نیدولانس به عنوان پاتوژن های ریوی معمولا کمتر جدا می شوند و آسپرجیلوس نیجر به صورت شایع تری در حالات ساپروفیتیک نظیر بیماران مبتلا به بیماری انسداد مزمن ریوی و سینوزیت مزمن جدا شده است و نقش آن به عنوان عامل آسپرجیلوزیس تهاجمی ریوی در بیماران دارای سیستم ایمنی مختل شده به ندرت ثابت شده است. گونه های آسپرجیلوس در بافت هایفاهای دارای دیواره عرضی و با انشعابات دو شاخه و زاویه دار، وزیکول و فیالید یا کنیدی ایجاد می کنند. در فرم تهاجمیِ بافتی کنیدیوفور، وزیکول و فیالید یا کنیدی دیده        نمی شود. در آزمایش هیستوپاتولوژیک هایفی دارای دیواره عرضی منشعب و دو شاخه و زاویه دار در یک نمونه بیوپسی باز از ریه هر چند که اغلب اوقات مربوط به گونه های آسپرجیلوس در نظر گرفته می شود ولی ممکن است مربوط به گونه های فوزاریوم، سودوآلشریا بویدی ای و یا هیفومیست های دیماتیاسئوس نیز باشند. اهمیت تشخیص این گونه ها از یکدیگر در این است که به عنوان مثال سودوآلشریا بویدی ای می تواند نسبت به آمفوتریسین B مقاوم باشد.