ساختمان منحصر به فرد چشم انسان و برخورد و مواجهه مستقیم آن با محیط، این عضو را در مقابل برخی از عوامل عفونی از جمله قارچ ها آسیب پذیر و حساس نموده است. دفاع های میزبان بر علیه این میکرو ارگانیسم ها هنگامی که از طریق سدهای آناتومیکال رخنه نمایند اغلب برای پیشگیری از کاهش بینایی و  یا از دست دادن بینایی ناکافی است.  بنابراین شناسایی و درمان به موقع میکرو ارگانیسم های درگیر کننده بسیار با اهمیت است. عفونت های قارچی چشم ناشی از ارگانیسم های کپکی معمولا مربوط به تروماهای نفوذ کننده توسط اشیاء و وسایلی است که با مواد گیاهی آلوده شده باشند و از طریق قرنیه یا کره چشم و یا به وسیله گسترش و توسعه عفونت از سینوس های پارانازال مجاور چشم به این عضو رسیده باشند. اندوفتالمیت و کوریورتینیت قارچی معمولا در نتیجه انتشار فونژمی قبلی (یا فونژمی پایدار) به بافت چشم است.  گونه های کاندیدا شایع ترین علت اندوفتالمیت اندوژنوس هستند اگر چه عفونت اولیه توسط قارچ های دو شکلی ممکن است سبب عفونت و زخمی شدن کوریورتینا شوند. پوشش لنزهای تماسی با کراتیت ایجاد شده بوسیله مخمرها، قارچ های رشته ای و گونه های آکانتامبا مرتبط است.