عفونت های بیمارستانی، عفونت های اکتسابی یا عفونت های مرتبط با بیمارستان نیز نامیده می شوند. شبکه جهانی ایمنی و مراقبت های بهداشتی به همراه مرکز کنترل بیماریها  عفونتهای بیمارستانی را به 13 نوع با 50 جایگاه عفونی دسته بندی کرده است که  براساس معیارهای بیولوژیکی و بالینی اختصاصی هستند. عواملی که معمولا در عفونت های اکتسابی از بیمارستان دخالت دارند شامل گونه های استرپتوکوکوس، گونه های آسینتوباکتر، آنتروکوک، سودوموناس ائروجینوزا، استافیلوکوکوسهای کواگولاز منفی، استافیلوکوکوس اورئوس، باسیلوس سرئوس، اعضای خانواده لژیونلا و اعضای خانواده آنتروباکتریاسه مثل پروتئوس میرابیلیس، کلبسیلا پنومونیا، اشریشیاکولی وسراشیامارسسنس می باشند.
بیماریزاهای بیمارستانی از طریق فرد به فرد، محیط یا آب و غذای آلوده، افراد عفونی، پوست کارکنان آلوده یا تماس از طریق موارد یا سطوح مشترک انتقال می یابند. ارگانیسم های بیمارستانی مقاوم به چندین دارو  عمدتا" شامل استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی سیلین، انتروکوکوس های مقاوم به وانکومایسین، سودوموناس ائروجینوزا و کلبسیلا پنومونیا می باشند، در حالی که کلستریدیوم دیفیسیل مقاومت طبیعی نشان می دهد. استفاده بیش از حد و نامناسب از آنتی بیوتیک های وسیع الطیف خصوصا در مراکز بهداشتی، عفونت های بیمارستانی را افزایش می دهند که نه تنها یک مشکل سلامتی بزرگ است بلکه سبب زیانهای اقتصادی و تولیدی زیادی نیز می شود. عفونت های بیمارستانی را می توان با اندازه گیری و مقایسه میزان عفونت در مراکز بهداشتی و انجام سرویس های بهداشتی بهتر، کنترل کرد.  مرکز کنترل و پیشگیری از بیماریهاروشی را جهت نظارت بر عفونت های بیمارستانی و بررسی شیوع عمده آن ها، ارائه می دهد. به واسطه این نظارت، بیمارستان ها می توانند یک استراتژی در بردارنده اقدامات کنترل عفونت تدوین کنند.