تشخیص بیماری های قارچی همانند سایر بیماری های میکروبی بر پایه مشاهدات بالینی و بررسی های آزمایشگاهی استوار است. شکل ظاهری ضایعات قارچی تا حدودی می تواند در تشخیص بیماری کمک کننده باشد ولی امکان دارد که در اثر درمان های ناقص چنین ضایعاتی تغییر یافته و شکل تیپیک خود را از دست داده باشند. در بیماری های قارچی عمقی، یافته های بالینی کمتر اختصاصی بوده و مشابه سایر بیماری های میکروبی است و این امر تشخیص علت بیماری و نیز درمان مناسب را با مشکل مواجه می کند.
برای تشخیص و تمایز بیماری های قارچی از سایر عوامل بیماریزا، تکنیک های رادیولوژی و پرتونگاری ابزار قابل اعتمادی می باشند. تست های آزمایشگاهی در تشخیص بیماری، ارزیابی تأثیر فرآیند درمانی و تعقیب روند بهبود بیماری مورد استفاده قرار می گیرند. تشخیص آزمایشگاهی موفق بیش از همه به جمع آوری با کفایت نمونه های بالینی و انتخاب روش تشخیصی مناسب وابسته است. نوع نمونه و روش آزمایشگاهی بستگی به جایگاه عفونت و نیز علائم بالینی بیماری دارد و از عفونتی به عفونت دیگر متفاوت و متغیر است. نتایج آزمایشگاهی می تواند کاملا  واضح و قاطع باشد ولی گاهی یافته ها بی نتیجه و حتی گمراه کننده هستند. در چنین مواقعی ارتباط نزدیک بین بخش بالینی و آزمایشگاه بسیار مهم و تعیین کننده است.