عفونتهای فرصت طلب تقریباً همیشه در شرایطی رخ میدهند که در آنها دفاع میزبان به خطر افتاده باشد. با پیشرفت دانش پزشکی، تعداد بیماران دچار نقص ایمنی به طور پیوسته در حال افزایش است. علاوه بر این، انواع نقص و نارسایی مربوط به سیستم دفاعی میزبان در حال تغییر است. امروزه، پاتوژن های قارچی مهاجم، مرکزیت را از پاتوژن های فرصت طلب باکتریایی و ویروسی گرفتهاند به طوری که بیماران نقص ایمنی بیشتری در حال حاضر به عفونتهای قارچی مبتلا میشوند. کاندیدا شایعترین جنس پاتوژن های قارچی است. کاندیدا آلبیکنس از مدتها قبل به عنوان عامل بیماری مخاطی دهان، مری و واژن در بیماران مبتلا به کمبود سلول T شناخته شده است، همچنین عفونتهای ناشی از این قارچ فرصت طلب در بیماران مبتلا به عفونت HIV، کسانی که تحت درمان با کورتیکواستروئیدها یا سایر داروهای سرکوب کننده سیستم ایمنی قوی قرار میگیرند و بیماران مبتلا به بدخیمیهای لنفورتیکولار مشاهده میشود. در سالهای اخیر، گونههای غیر آلبیکنس کاندیدا به طور فزایندهای به عنوان پاتوژن های قارچی در بیماران دچار نقص ایمنی شناخته شدهاند. در بیماران سرطانی، کاندیدا تروپیکالیس و کاندیدا گلابراتا به ویژه مشکل ساز هستند. در بیماران بستری در بخشهای مراقبتهای ویژه، میزان عفونتهای کاندیدا گلابراتا در حال افزایش است. انواع مختلفی از عوامل خطر برای گونههای مختلف کاندیدا شناسایی شده است. بعد از کاندیدا گونههای آسپرژیلوس اصلیترین پاتوژن های فرصت طلب قارچی میباشند. در مقابل دستگاه گوارش برای حضور کاندیدا، درگاههای اصلی ورود این ارگانیسمهای موجود در هوا مجاری بینی، سینوسها و مجاری تنفسی هستند. در گیرندگان پیوند مغز استخوان و در بیماران مبتلا به لوسمی حاد، میزان مرگ و میر بیش از 75٪ است. عفونتهای ناشی از پاتوژن های کپکی به غیر از آسپرژیلوس نیز در حال افزایش است. کشت عوامل موکورمایکوز بسیار دشوار است و سندرمهای ناشی از این عفونتها از سندرمهای ناشی از گونههای آسپرژیلوس قابل تشخیص نیستند. پاسخ به درمان در این دسته از قارچها ضعیف است. فوزاریوم، که یک قارچ خاکزی است نسبت به بسیاری از درمانها مقاوم است. سدوسپوریوم، یکی دیگر از پاتوژن های نوظهور، به طور فزایندهای در دریافت کنندگان پیوند خون و مغز استخوان گزارش میشود. دشواری در تشخیص دقیق، مانع بزرگی است که مانع پیشرفتهای درمانی شده است. تکنیکهای غیرتهاجمی برای بیشتر پاتوژن های قارچی فرصت طلب محدود است.